Den overordnede ledelse bliver varetaget af en styregruppe sammensat af ledere fra de deltagende kommuner, Diabetesforeningen, Hjerteforeningen og Region Syddanmark. Den daglige ledelse og drift bliver varetaget af Syddansk Sundhedsinnovation. Syddansk Sundhedsinnovation har også en koordinerende rolle i udvikling, afprøvning og udbredelse, og agerer således som et bindeled mellem de udførerende kommuner.

Der kan indgås partnerskab med flere typer af partnere:

• Partnere fra civilsamfundet, dvs. frivillige og foreninger, herunder patientforeninger
• Offentlige aktører så som kommuner, regionen, herunder praksisområdet og staten.

Partnerne driver, udvikler og bruger i fællesskab de digitale tilbud under Det Digitale Sundhedscenter. I praksis indebærer dette, at

• Partnere byder ind med ressourcer, enten økonomiske eller medarbejdertimer i relevante sammenhænge. 
• Borgere benytter tilbuddene under Det Digitale Sundhedscenter på tværs af kommunegrænser. Et eksempel er, at en webinarunderviser fra en kommune eller patientforening kan undervise borgere fra alle de deltagende kommuner.
• Hele partnerskabet eller dele af partnerskabet udvikler i fællesskab nye tilbud og opdaterer eksisterende tilbud, til gavn for hele partnerskabet.
• Kommuner kan individuelt tilpasse forløb rundt om de fælles digitale redskaber.